Dari 1926 hingga 1928, dia merupakan (naval attache) kepada kedutaan Jepun di Washington, dan banyak mengembara dikeseluruh Amerika Syarikat, yang memberikannya pandangan mendalam mengenai saingan masa hadapannya. Dia kemudiannya dilantik ke bureau (Naval Affairs bureau) dan dilantik sebagai Laksamana Muda (Rear Admiral). Dia menghadiri London Naval Conference pada 1930. Sekembalinya ke Jepun, dia menyertai Naval Aviation Bureau dan dari tahun 1933 mengetuai bureau dan menguruskan keseluruhan program penerbangan Tentera laut.

Pada Disember 1936, Yamamoto dilantik sebagai timbalan menteri bagi Tentera laut Jepun, dan menggunakan kedudukannya bagi mengutarakan dengan penuh semangat untuk kuasa udara Tentera Laut dan menentang pembinaan kapal tempur yang baru. Dia juga menentang penjajahan Manchuria dan keinginan tentera bagi bersepakat dengan Jerman. Apabila kapal terbang Jepun menyerang kapal bersenjata US, Panay di sungai Yangtze pada Disember 1937, dia memohon maaf secara sendiri kepada duta Amerika. Dia menjadi sasaran cubaan bunuh pihak (fascist); keseluruhan kementerian Tentera Laut terpaksa diletakkan di bawah kawalan. Bagaimanapun, pada 30 Ogos 1939, Yamamoto dilantik menjadi Laksamana dan dilantik sebagai commander-in-chief seluruh armada.

Laksamana Yamamoto tidak mengurangkan kedudukan anti-konflik logiknya apabila Jepun menanda tangani Persekutuan Tripartite (Tripartite Pact) dengan Jerman dan Itali pada September 1940. Yamamoto memberi amaran kepada Premier Konoe Fumimaro untuk tidak menimbangkan perperangan dengan Amerika Syarikat: "Sekiranya saya diperintahkan berperang... Saya akan bermaharajalela bagi enam bulan pertama... tetapi saya tidak mempunyai sebarang keyakinan bagi tahun kedua dan ketiga." Dia terbukti amat tepat kerana Pertempuran Midway (secara umumnya dianggap titik perubahan dalam konflik Pasifik) berlaku enam bulan (hampir pada hari) selepas pengeboman Pearl Harbor. Pandangan jauhnya turut mendorongnya untuk mempercayai bahawa serangan (pre-emptive) terhadap pasukan Tentera Laut US amat penting sekiranya perperangan berlaku.

Dia juga membayangkan dengan tepat taktik "lompat pulau (island-hopping)" dan penguasaan udara yang akan ditonjolkan dalam perperangan itu, walaupun pandangannya gagal apabila ia berkenaan kapal tempur, kerana dia (sebagaimana kebanyakan pegawai dalam Tentera Laut Amerika, harus dirumuskan) masih percaya sebagai salah satu komponen penting bagi pasukan Tentera Laut.

Serangan keatas Pearl Harbor, 1941

Berikutan dengan penjajahan Indochina dan pembekuan aset Jepun oleh US pada Julai 1941, Yamamoto memenangi perdebatan mengenai taktik dan keseluruhan cabang udara Angkatan Pertama (First Fleet) di bawah Laksamana Chuichi Nagumo ditumpukan terhadap angkatan Amerika pada Pearl Harbor, menyerang pada 7 Disember. Dengan sekitar 350 kapal terbang dilancarkan daripada enam kapal induk, lapan belas kapal perang Amerika ditenggelamkan atau dilumpuhkan. Kegagalan Nagumo untuk memerintahkan operasi cari-dan-serang yang kedua terhadap kapal induk Amerika atau gelombang kedua bertujuan bagi memusnahkan kemudahan simpanan minyak penting pangkalan itu yang bakal melumpuhkan operasi angkatan Pasifik US secara sendiri dan kegagalan Yamamoto untuk mendesaknya, menukarkan kemenangan taktikal menjadi kekalahan strategik.